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말레이반도의 남부를 차지하는 서말레이시아(구 말라야연방:약 13만㎢)와 보르네오섬 북서부의 사라와크 및 사바로 이루어지는 동말레이시아(북칼리만탄:약 20만㎢)로 이루어져 있다. 서말레이시아는 길이 약 800km, 폭 325km이고 북쪽과 남쪽은 각각 태국, 싱가포르와 국경을 이루고, 서쪽과 동쪽은 말라카해협과 남중국해에 면한다. 동말레이시아는 길이 약 1,075km, 폭 384km로 북서쪽과 동쪽은 남중국해와 셀레베스해에 면하고, 남쪽은 인도네시아령 보르네오섬과 국경을 이룬다.
행정구역은 13개 주(negeri, state)와 1개 연방 준주(wilayah persekutuan), 3개 시(쿠알라룸푸르, 라부안, 푸트라자야)로 이루어져 있다. 2010년부터 푸트라자야가 새 행정수도가 된다.