본 센터는 센터장을 중심으로 위원회, 지원부, 연구부로 조직되어 있음. 위원회는 센터 운영을 심의하는 운영위원회, 지자체 및 산업체와의 협력을 담당하는 협력위원회 그리고 고가장비의 도입을 심의하는 장비도입 심의위원회로 구성되어 있으며, 지원부는 산업체 인력의 교육과 산학협력을 지원하는 교육/산학협력 지원실 그리고 산업체의 고가장비의 효율적 활용을 지원하는 장비 지원실로 구성되어 있음. 연구부는 참여 교수와 기업으로 구성됨.