체코·슬로바키아어과는 체코어과라는 이름으로, 1987년 10월 23일 한국외국어대학교로부터 공식 설립인가를 받아 1988년 3월 첫 신입생 30명을 받아들임으로써 우리나라에서 처음으로 체코·슬로바키아학을 연구, 교수하는 유일한 학과로 출발하였다.
1980년대 말 대한민국 정부는 남북관계의 현실성을 고려하여 동유럽 공산주의 국가들을 상대로 소위 ‘북방외교’를 은밀하게 진행시키고 있었으며, 한국외국어대하교는 이와 같은 시대적 변화에 부응하여 1988년 서울 올림픽 개최를 계기로 체코어과를 신설하게 되었다.
1988년은 체코어과가 뿌리를 내리는 학과 발전의 원년이 되는 매우 뜻있는 한 해였다. 또한 체코슬로바키아 올림픽 국가대표단 고위간부들과 세계적인 마임의 대가 밀란 슬라데크(Milan Sladek)를 비롯한 문화계 인사들이 체코어과를 방문하여 신생 체코어과의 발전에 새로운 의욕을 고취시켜주었다.
1989년 체코어과는 두 번째 신입생을 받아들였고, 동년 11월에는 체코슬로바키아 공산당 정권이 무너지고 민주주의 정권이 수립되는 것을 계기로 체코어과는 향후 진행될 국내 체코와 슬로바키아에 대한 다각적이고 심층적인 연구의 메카로 성장해갔다.
1990년 3월 22일에는 양국이 공식적인 외교관계를 수립함으로써 상호간의 정치, 경제, 문화교류가 확대되기 시작하였고, 이에 따라 전문 인력에 대한 수요도 증대되었다. 이에 체코어과는 입학정원을 30명에서 40명으로 증원하였다.
1990년 7월 체코어과는 처음으로 인솔 교수 1명을 포함한 9명의 연수단을 1개월 과정으로 체코 카렐대학교 산하 어학연수원에 파견하였고, 동월에는 카렐대학교에서 본교와 카렐대학교 총장의 참석 하에 양교의 교류협정이 체결되었다. 9월에는 본 교류 협정에 의거 카렐대학교로부터 1명의 교수가 본교 체코어과에 교환교수로 부임하였고, 1991년 1월에는 본교의 교수가 카렐대학교에 교환교수로 파견됨으로써 양교의 교수 교류가 시작되었다.
1992년 2월 체코어과는 3O명에 가까운 제1회 졸업생을 배출하였으며, 1994년부터는 40명에 가까운 졸업생을 매년 배출함으로써 2004년 현재까지 400여명의 졸업생을 배출하였다.
2016년 현재 23년이라는 비교적 짧은 역사에도 불구하고, 체코·슬로바키아어과가 이루어낸 업적은 결코 적지 않다. 무엇보다도 먼저 체코와 슬로바키아에 대한 연구를 전공으로 한, 많은 훌륭한 졸업생들을 배출하였는데, 이들은 현재 국내외의 각종 국가기관과 기업체에서 열성적으로 활동하고 있다. 뿐만 아니라 국내에서 처음으로 체코와 슬로바키아에 대한 본격적이고 심층적인 연구의 토대를 구축하였으며, 체코와 슬로바키아에 대한 지식과 정보를 일본이나 미국과 같은 제 3국에 의존하지 않고 1차 자료를 통한 직접적인 방식으로 접근함으로써 체코와 슬로바키아, 나아가 동유럽 연구에 새로운 장을 열었다.
현재까지도 한국에서는 한국외국어대학교에만 체코·슬로바키아어과가 존재하며 체코와 슬로바키아 관련 학문을 연구하는 유일한 학과이다.