본 연구소 설립은 1961년에 한국외국어대학교가 설립된 이후 일본어의 저변확대와 일본분야의 인재양성에 힘쓰던 본교교수들이 1985년에 다양한 분야의 심도 있는 일본연구를 하기 위해서 <일본문화연구회>를 발족한 것이 계기가 되었다. <일본문화연구회>가 발족되던 당시만 해도 연구진이 부족해서 본교 교수와 서울지역의 교수들이 모여서 분야별로 분과 없이 연구논문을 발표하고 이를 모아서 논문집을 만들었다.
그 후 1990년에 일본에서 유학을 마친 연구자들이 귀국하면서 연구회 성격의 <일본문화연구회>를 모태로 하여 <일본문화연구소>를 정식으로 발족하였다. 그러면서 <일본문화연구소> 산하에 <일본어학분과>, <일본고전문학분과>, <일본학분과>에 설치되면서 본격적으로 연구소로서의 조직이 갖추어지게 되었다.
1993년에 본교내의 지역연구소들을 통합하여 <외국학종합연구센터>가 개원하면서 <일본문화연구소>에서 일본지역을 연구하는 연구소라는 의미에서 <일본연구소>로 연구소명을 개칭하였다. 이에 따라 <일본연구소>는 독립연구소로서 일본지역연구를 집중적으로 하면서, 다른 한편으로는 <외국학종합연구센터> 지역연구소 중의 하나로서 타 지역연구소와 연계하며 활동하고 있다. 2007년 7월, 직제 개편에 따라 <국제지역연구센터> 일본연구소로 변경되어 현재에 이르고 있다.
<일본연구소>로 개칭하면서 본교출신의 박사연구자들을 초빙연구원으로 영입하면서 본교의 교수들과 초빙연구원, 그리고 석·박사과정 대학원생들을 중심으로 분야별 연구소 분과연구회들이 본격적으로 정기 연구발표를 하게 된다. 이는 국내의 주요대학에 일본어과가 설립되면서 국내의 일본연구자도 늘고 일본연구가 착실히 축적되어 감에 따라, 일본에 대한 보다 세부적이면서도 체계적인 연구가 필요했기 때문이다. 이러한 시대적인 요구에 호응하여, 본 연구소는 연구분야를 보다 확대하고 전공영역별로 세분화해가면서 일본의 언어, 문학, 문화, 역사, 정치, 경제 등 인문/사회과학에 관한 종합적인 연구를 통하여 한국에서의 일본연구 발전을 위해 힘쓰고 있다.
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